地方拠点強化税制等の延長｜令和8年度税制改正のポイントを税理士が解説

令和8年度税制改正では、地方拠点強化税制やカーボンニュートラル投資促進税制等の延長が行われます。いずれも法人の投資判断に直接関わる制度であり、延長の有無によって投資のタイミングを見直す必要が生じることもあります。適用期限が延長されたことで、これまで投資のタイミングを見送っていた法人にも、あらためて検討の機会が生まれたといえるでしょう。制度の適用期限は数年単位で設定されることが一般的であるため、期限が近づくたびに延長の有無が話題になる制度のひとつでもあります。本記事では、横浜市青葉区の菅原和望税理士事務所が、地方拠点強化税制等の延長の内容と実務上のポイントをわかりやすく解説します。地方展開や脱炭素対応は経営判断として重要度が高まっている分野であるため、税制優遇の内容を理解しておくことは投資判断の材料としても有用です。特にカーボンニュートラルへの対応は、取引先や投資家からの評価にも関わる要素となってきているため、税制優遇の活用は環境対応と経営効率の両面でメリットが期待できます。特に人材確保が難しい都市部から地方への機能移転を検討している企業にとっては、税制面のメリットも含めて総合的に判断する材料が増えることになります。特に近年は自然災害への備えとして本社機能の一部を地方に分散させる企業も増えており、事業継続計画（BCP）の観点からも地方拠点の強化を検討するケースが見られます。

地方拠点強化税制等の延長の概要と対象となる投資

地方拠点強化税制は、地域再生法の地域再生計画に基づき、東京23区から地方への本社機能等の移転や、地方における本社機能等の拡充を行う法人が、建物等の取得に一定の投資を行った場合に、特別償却または税額控除の適用を受けられる制度です。地方創生の観点から長年にわたり継続されてきた制度であり、地方における雇用創出や企業誘致の促進を目的としています。東京圏への一極集中を緩和し、地方における良質な雇用の場を確保するという政策目標のもとで運用が続けられてきた経緯があります。今回の改正では、活力ある地方・中小企業の後押しとして地方拠点強化税制の適用期限の延長が、脱炭素化への対応として生産工程効率化等設備を取得した場合等の特別償却又は特別税額控除制度（カーボンニュートラルに向けた投資促進税制）の見直しが、それぞれ行われています。あわせて、企業グループ間の取引に係る書類保存の特例の創設など、納税環境整備に関する改正も行われました。地方拠点強化税制には、本社機能等を移転する「移転型」と、既存の地方拠点を拡充する「拡充型」の2つの類型があり、いずれに該当するかによって適用される控除率や要件が異なります。一般的に、東京23区から地方へ本社機能を移転する「移転型」の方が、地方拠点をそのまま拡充する「拡充型」よりも税制上の優遇度合いが大きく設定される傾向があります。なお、企業グループ間の取引に係る書類保存の特例についても、グループ会社間での取引実態を正確に記録・管理する体制が求められるため、対象となる法人はあらかじめ社内の書類保存体制を見直しておくとよいでしょう。

地方拠点強化税制等の延長が投資計画の実務に与える影響

地方拠点の拡充や脱炭素投資を検討している法人は、適用要件を踏まえた投資計画の検討が重要です。特に地方拠点強化税制の適用には、都道府県知事による地域再生計画の認定を受けたうえで、対象となる建物等の取得や雇用者数の増加といった複数の要件を満たす必要があるため、計画段階から自治体や専門家への相談を進めておくことをお勧めします。自治体によって独自の企業誘致策や補助制度を設けている場合もあるため、国の税制優遇とあわせて地域独自の支援策も確認しておくと、より有利な条件で投資を進められる可能性があります。雇用者数の増加要件は、拠点の設置・拡充後一定期間にわたって維持することが求められるため、単に人数を増やすだけでなく、その後の雇用維持計画も含めて検討する必要があります。認定手続きは自治体との調整も含めて時間がかかることが多いため、投資実行の半年から1年程度前には検討を始めておくと余裕を持って準備できます。特に建物の取得や新設を伴う投資は、着工から完成までの工期も踏まえてスケジュールを組む必要があるため、より早い段階からの準備が望ましいでしょう。あわせて研究開発税制の見直しもご確認ください。また、複数の拠点で同時に投資を計画している場合は、拠点ごとに適用される制度や要件が異なることもあるため、拠点単位で個別に要件を確認しておくことが望ましいでしょう。

地方拠点強化税制等の延長に関するよくある質問

Q. 地方拠点強化税制の対象となるのはどのような投資ですか？
A. 東京23区からの本社機能の移転や、地方における本社機能の拡充などを行う際の建物取得費用等について、特別償却や税額控除が受けられる制度です。地域再生法に基づく地域再生計画の認定などの手続きが必要となる場合があります。対象となるのは事務所、研究所、研修所など本社機能を担う施設で、単なる工場や倉庫の新設は原則として対象外とされています。管理部門やIT部門、カスタマーサポート部門など、本社機能の一部を切り出して地方に移転するケースも対象となり得るため、拠点の一部機能のみを移転する場合でも要件を確認しておく価値があります。研究開発拠点やバックオフィス機能を地方に移転する動きが広がる中、こうした本社機能の移転・拡充を後押しする制度として位置づけられています。リモートワークの普及により本社機能の一部を地方に分散する企業が増えている中、こうした流れを後押しする税制としても注目されています。移転や拡充の規模が大きくなるほど、雇用者数の増加要件を満たすための人材確保も課題となるため、採用計画とあわせて投資計画を検討することが望ましいといえます。

Q. カーボンニュートラルに向けた投資促進税制とはどのような制度ですか？
A. 生産工程の脱炭素化・効率化に資する設備を取得した場合に、特別償却または税額控除の適用を受けられる制度です。対象設備の要件や手続きの詳細は、投資計画の段階から確認しておくことをおすすめします。設備の種類によって特別償却と税額控除のいずれかを選択できる場合があり、その年の業績や将来の税負担の見通しに応じて有利な方を選ぶことができます。生産性の向上と脱炭素化を同時に実現する設備が対象とされているため、老朽化した設備の更新を検討している法人にとっても活用の余地がある制度です。設備の取得にあたっては、補助金など他の支援制度と併用できる場合もあるため、税制優遇だけでなく利用可能な支援制度全体を確認しておくと、より効果的な投資計画を立てられます。

まとめ

地方拠点強化税制等の延長は、地方展開や脱炭素投資を検討する法人にとって重要な改正です。いずれの制度も申請や認定の手続きに一定の時間を要するため、投資の実行を決めてから慌てて準備を始めるのではなく、投資計画の初期段階から要件を確認し、必要な手続きのスケジュールを組み込んでおくことが望ましいでしょう。地域や業種によって活用できる制度の組み合わせも異なるため、投資計画の段階で幅広く情報収集しておくことをおすすめします。特に地方拠点の強化や脱炭素投資は、実行までの準備期間が長くなる傾向があるため、経営計画の早い段階から税理士や関係機関に相談しておくことをお勧めします。令和8年度税制改正の全体像は令和8年度税制改正まとめのページでご覧いただけます。改正の詳細は国税庁の公式サイトでも随時公表されますので、あわせてご確認ください。

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この記事を書いた税理士

菅原和望（すがはらかずみ）税理士／菅原和望税理士事務所代表

東京地方税理士会緑支部所属／税理士登録番号第154708号（2024年11月登録）
登録内容は日本税理士会連合会の税理士情報検索サイト（登録番号 154708 で検索）および東京地方税理士会でご確認いただけます。
会計・税務の実務経験9年
株式会社カプロス代表（2015年12月設立／ダイヤモンドコア工法によるコンクリートの穿孔・切断・解体工事／施工エリア：関東・東北）
不動産賃貸業（賃貸物件の経営）

1993年生まれ。横浜市青葉区市ケ尾の菅原和望税理士事務所代表。自ら建設業の施工会社を経営し、不動産賃貸業も営む事業者としての立場もふまえ、クラウド会計（マネーフォワードクラウド）を活用した記帳・決算・確定申告までを一貫してサポートしています。

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